马克思主义学院成立于2016年9月，是我校专门从事思想政治理论课教育教学和马克思主义理论研究的二级机构。学院下设三个学系，即马克思主义基本原理学系、马克思主义中国化学系、思想政治教育学系。

2025年10月，首都医科大学“大思政课”建设研究中心成立，办公室设在马克思主义学院。2026年6月，首都医科大学健康中国研究中心成立，挂靠在马克思主义学院。

学院现有专兼职思政课教师78人，1人入选北京市属高校“青年拔尖人才培育计划”，2人入选北京高校“青年英才计划”，1人入选北京市高校思想政治理论课青年教师“扬帆资助计划”；获首届北京高校教书育人“最美课堂”二等奖1项，北京高校青年教师教学基本功大赛二等奖1项、单项奖4项；北京高校思政课教学基本功比赛二等奖4项；北京高校党的建设和思想政治工作优秀成果奖；2024年北京市大中小学思想政治教育一体化主题活动案例征集一等奖；2023年“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛一等奖；学院老师参与录制中国教育电视台《师说》特别策划节目《我和我的思政课》。

学院目前拥有思想政治教育专业硕士学位授权点。本学科2008年被批准为北京市重点建设学科。2016年加入“中国特色社会主义理论大众化与国际传播协同创新中心”，是全国独立设置医学院校马克思主义学院联盟发起单位和理事单位。

面向“十五五”，学院将立足现有优势，整合校内外优质资源，坚持“马理引领、校院一体、内外联动”的工作思路，继续深耕理论研究、思政育人、社会服务等重点领域，推动思政课建设提质增效，努力打造以健康中国为特色的“大思政课”建设体系，为全面提升学校核心竞争力，将学校建设成为国际一流的研究型医科大学贡献力量。