马克思主义学院思想政治教育学系主要从事思想政治教育理论与实践研究。下设思想道德与法治教研室、形势与政策教研室、临床德育教研室。
学系主要承担本专科生、研究生“思想道德与法治”、“形势与政策”、“医德修养”、“思想政治教育学原理与方法”、“中国共产党思想政治教育史”、“质性研究方法”等课程的教学工作。
思想道德与法治教研室现有教师5名，其中教授2人，副教授2人，讲师1人。
学系注重教学改革，强调教育实效，2人获首都医科大学教学奖、3人获首都医科大学青年教学奖、2次获首都医科大学教育教学成果二等奖、1人获北京高校青年教师教学基本功比赛社科类二等奖。指导学生获得教育部“我心中的思政课”全国高校大学生微电影展示活动三等奖、教育部全国高校大学生讲思政课公开课展示活动优秀奖、2023年、2025年“挑战杯”首都大学生课外学术科技作品特等奖、第十八届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品一等奖等。学系教师主持各级各类课题多项，发表学术论文多篇。1人获批北京市优秀人才青年骨干个人项目、2人获批北京高校思想政治理论课教师扬帆资助计划专项课题。