马克思主义学院思想政治教育学系成立于2016年10月，主要承担着本专科生、研究生《思想道德与法治》、《形势与政策》、《医德修养》、《思想政治教育学原理与方法》、《中国共产党思想政治教育史》、《质性研究方法》等课程的教学工作。
学系现有教师5名，其中教授1人，副教授3人，讲师1人。学系注重人才培养，为每位教师建立个性化培养方案，明确培养目标，促进教师全面发展。学系注重教学改革，强调教育实效，学系教师获首都医科大学教学奖、首都医科大学青年教学奖、首都医科大学教育教学成果二等奖、北京高校青年教师教学基本功比赛社科类二等奖等。指导学生获得教育部“我心中的思政课”全国高校大学生微电影展示活动三等奖、教育部全国高校大学生讲思政课公开课展示活动优秀奖、第十届“挑战杯”首都大学生课外学术科技作品特等奖等。学系重视科研提升，鼓励以研促教。主持各级各类课题多项，发表学术论文多篇。学系教师相继获得北京市优秀人才青年骨干个人项目、北京高校思想政治理论课教师扬帆资助计划专项课题等资助项目。