马克思主义学院是我校专门从事思想政治理论课教育教学和马克思主义理论研究的二级机构。学院前身是马克思主义理论与思想政治教育学部。2016年9月，校党委为进一步贯彻落实中宣部、教育部、市委教育工委关于加强思想政治理论课建设的相关精神与要求，加强学校思想政治理论课教学及马克思主义理论教育、宣传和研究工作，决定成立马克思主义学院。
学院下设三个学系，即马克思主义基本原理学系、马克思主义中国化学系、思想政治教育学系。
学院现有师生员工66人，其中专职教师33人，兼职教师29人，专职管理人员4人。有北京市高校思政课特级教授2人、特级教师1人，教育部全国高校思政课教学能手1人；获首届北京高校教书育人“最美课堂”二等奖1项，北京高校青年教师教学基本功大赛二等奖1项、单项奖4项；北京高校思政课教学基本功比赛二等奖1项；指导学生参加教育部“我心中的思政课”全国高校大学生微电影大赛、全国高校大学生讲思政公开课展示和北京高校马克思主义经典著作研读征文比赛、“挑战杯”首都大学生课外学术科技作品竞赛并获奖。
学院目前拥有思想政治教育专业硕士学位授权点，在读全日制硕士研究生11人。本学科2008年被批准为北京市重点建设学科。2016年加入“中国特色社会主义理论大众化与国际传播协同创新中心”。全国独立设置医学院校马克思主义学院联盟发起单位和理事单位。
“十四五”期间，学院全体师生员工将以“苟日新、日日新、又日新”的精神，全力推进学院各项事业发展，为全面提升学校核心竞争力，将学校建设成为国际一流的高水平研究型医科大学贡献力量。